Многие утверждают, что искусство выращивать карликовые деревья и другие миниатюрные растения зародилось в Японии. Даже само слово «бонсай» образовано сочетанием двух японских слов — «бон» и «сай», что переводится соответственно как «плошка» и «сажать, выращивать».
В действительности обычай выращивать маленькую копию большого растения в цветочном горшке пришла из Китая, где первые изображения маленьких ландшафтов с растительностью возникли еще в 200 году до нашей эры. И лишь в 11-м веке японские монахи, которые постигали в Китае буддистскую философию, привезли бонсай к себе на родину.
Сначала лишь богатые люди могли позволить себе такое увлечение, однако постепенно искусство выращивания живых миниатюр вошло в каждый дом, став обязательной частью японской культуры. Со временем в Японии появилась собственная школа бонсай, где вместе с высадкой карликовых деревьев высотою примерно 54 см, развивалось и искусственное культивирование разных деревьев, численность видов которых к концу 19-го века достигала 300.
В Европе бонсай стал распространяться только в начале XX века, и лишь в 1937 году, на Всемирной парижской выставке с этой необыкновенным видом искусства смогла познакомиться широкая публика.