Распространенное мнение, что выращивание миниатюрных растений появилось впервые в Японии, оказывается ошибочно. Хотя само слово образовано из двух японских - «бон» и «сай», что переводятся как «плошка» и «выращивать».
Традиция создавать маленькие копии больших растений в горшках появилась в Поднебесной. Там изображения маленьких ландшафтов появились еще в 200 году до н. э.
В XI веке, японские монахи, возвращаясь домой после того, как полностью постигли буддистскую философию в Китае, взяли с собой и маленькие бонсаи.
Первое время, такое чудное занятие было доступно только состоятельным семьям, но позже оно укоренилось в культуру и маленькие деревья появились в каждом доме.
В Японии была даже открыта школа по созданию бонсай. Там, кроме обучения основ ухаживания за мини-деревьями практиковалось и штучное культивирование деревьев разных пород.
Только в начале XX века искусство бонсай постепенно проникло в Европу.
На осмотр широкой публики шедевры бонсай попали в 1937 году во время участия во Всемирной парижской выставке.